Las bacterias resistentes a los antimicrobianos se han generalizado. En este artículo se examina la distribución de las bacterias resistentes en los seres humanos, los animales y el entorno de las explotaciones, es decir, en los reservorios de las colonias que pueden desarrollar esa resistencia. Los ecosistemas de las explotaciones constituyen un medio en el que pueden aparecer, desarrollarse y propagarse las bacterias y genes resistentes los cuales, posteriormente, se diseminan por conducto de la cadena alimentaria y otras vías. Para estudiar el origen y la extensión del fenómeno de la resistencia, así como su relación con la administración de antibióticos, se utilizan métodos ecológicos, epidemiológicos, moleculares y matemáticos. Para conferir una dimensión ética a los métodos destinados a mejorar la sanidad animal y la seguridad sanitaria de los alimentos deberá incluirse, necesariamente, la administración prudente y responsable de antibióticos. Si bien la “administración responsable” de antibióticos en la investigación es crucial, su “administración prudente” debe formar parte de las buenas prácticas de gestión de las explotaciones para contribuir plenamente a la contención de la resistencia a los antimicrobianos.