La variabilité antigénique des virus à acide ribonucléique (ARN) est le résultat de la mutation rapide qui intervient lors de la réplication et de la recombinaison/réassortiment de matériel génétique de souches apparentées, pendant une co-infection. Les souches variantes bénéficiant d’un avantage sélectif en termes de capacité de se propager ou de contourner l’immunité de l’hôte s’établissent au sein des populations. Le virus de l’influenza, le virus de la fièvre aphteuse et le virus de la fièvre catarrhale du mouton sont des exemples de virus présentant une variation antigénique. Pour être efficaces contre ces virus, les stratégies de vaccination doivent s’accompagner de programmes de surveillance visant à détecter les sérotypes en circulation et à retracer leur évolution afin d’assurer un parfait appariement entre les souches vaccinales et les souches sauvages. Sous les auspices de l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE), un dispositif de sélection de souches vaccinales du virus de la grippe équine a été mis en place, fondé sur un programme international de surveillance. Un cadre réglementaire autorise désormais la réactualisation rapide des souches vaccinales sans qu’il soit nécessaire de fournir toutes les données d’enregistrement de ces vaccins réactualisés. La fièvre aphteuse fait l’objet d’une surveillance rigoureuse partout dans le monde, recourant à la caractérisation antigénique et génétique des isolats, mais il n’existe aucun système formel de sélection des souches vaccinales. Une initiative a été entreprise à l’échelle internationale pour harmoniser les méthodes de caractérisation des virus, dans le but d’établir la base d’un futur système d’appariement des vaccins vis-à-vis de la fièvre aphteuse, accepté sur le plan international et soutenu par l’OIE. En raison de l’émergence et de la propagation de la fièvre catarrhale du mouton en Europe, l’évaluation de l’innocuité et de l’efficacité de vaccins contre cette maladie a été intensifiée, notamment en ce qui concerne la protection croisée vis-à-vis de chaque sérotype et entre sérotypes. Le principal critère pour produire des vaccins dirigés contre des virus présentant une variabilité antigénique est de disposer d’une méthode permettant de mesurer la distance antigénique entre les souches et de mieux appréhender les relations entre ces distances et les mécanismes de protection croisée. Une nouvelle méthode de modélisation informatique permettant de chiffrer la distance entre souches, appelée cartographie antigénique, a été appliquée aux virus de la grippe humaine et équine dans le but d’élucider l’évolution de ces virus par rapport aux souches vaccinales. Cette méthode est parfaitement applicable à d’autres agents pathogènes présentant une variabilité antigénique, tels que le virus de la fièvre aphteuse.