Las rápidas mutaciones originadas por la replicación y recombinación/reordenamiento de material genético de cepas afines en infecciones simultáneas provocan la variabilidad antigénica de los virus ARN. Aquellas variantes cuya ventaja selectiva les permite propagarse, o evitar la inmunidad del huésped, se establecen en las poblaciones. Entre los virus que presentan variabilidad antigénica pueden mencionarse los responsables de la influenza, la fiebre aftosa y la lengua azul. Para que la vacunación contra esos virus sea eficaz es preciso recurrir también a programas de vigilancia de los serotipos circulantes y su evolución a fin de asegurarse de que las cepas vacunales neutralizan a los virus de campo. Se ha establecido un sistema oficial de selección de cepas vacunales contra la influenza equina, bajo los auspicios de la Organización Mundial de Sanidad Animal (OIE), basado en un programa de vigilancia internacional. Ese marco reglamentario permite actualizar rápidamente las cepas vacunales sin necesidad de presentar todos los datos para obtener la autorización de comercialización de la vacuna actualizada. Si bien la fiebre aftosa es objeto de una estrecha vigilancia en todo el mundo, caracterizándose los antígenos y genes de las muestras, aún no se dispone de un sistema oficial de selección de cepas vacunales. Con el apoyo de la OIE, se ha dado inicio a una iniciativa internacional conjunta para armonizar los métodos de caracterización de virus y echar los cimientos de un sistema de comparación de cepas vacunales contra la fiebre aftosa aceptado internacionalmente. La aparición y propagación de la lengua azul en Europa condujeron a intensificar la evaluación de la inocuidad y eficacia de las vacunas, en particular, la protección cruzada contra cada serotipo, y entre ellos. La condición más importante para producir vacunas contra virus que muestran variabilidad antigénica consiste en recurrir a un método de medida de las distancias antigénicas entre cepas y comprender la relación entre esas distancias y la protección cruzada. La cartografía antigénica, un nuevo método informático para medir las distancias antigénicas entre cepas, se ha aplicado a los virus de la influenza humana y equina con objeto de estudiar la importancia de su evolución en relación con las cepas vacunales. Este método puede aplicarse muy fácilmente a otros importantes agentes patógenos que presentan variabilidad antigénica, como el virus de la fiebre aftosa.