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Fiche extrait de produit
Titre du produit :

L’utilisation des données sur le génome pour reconstituer l’arborescence de la transmission lors d’un foyer de maladie

Auteur(s) : M.D. Hall, M.E.J. Woolhouse & A. Rambaut

Résumé :

L’accès aux données sur les séquences génétiques des agents pathogènes ouvre de nouvelles perspectives pour étudier la manière dont les maladies infectieuses se propagent entre différents hôtes ou établissements infectés, en complément des méthodes traditionnelles d’évaluation de l’exposition ; de grands efforts ont donc été déployés pour mettre au point des techniques permettant d’arriver à cette fin. Leur objectif est de reconstituer l’arborescence de la transmission d’une épidémie, ce qui permet d’identifier chaque individu ayant infecté d’autres individus. Les auteurs passent en revue les différentes méthodes appliquées. La première étape consiste à définir les modalités de mesure des différences entre séquences, ainsi que les facteurs à prendre en compte, par exemple les phénomènes de recombinaison ou d’évolution convergente. Les méthodes disponibles se répartissent en trois catégories principales, par ordre de complexité croissante : celles qui présupposent qu’il ne peut y avoir de diversité ni de mutation génétiques chez l’hôte ; celles qui présupposent qu’il peut y avoir une diversité génétique mais pas de mutation ; enfin celles qui présupposent qu’il peut y avoir les deux.

Mots-clés
Analyse de séquences – Arbre de transmission – Épidémiologie moléculaire – Phylodynamique – Phylogénétique.

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