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Fiche extrait de produit
Titre du produit :

Des outils bio-informatiques pour l’analyse des données de génomique virale

Auteur(s) : R.J. Orton, Q. Gu, J. Hughes, M. Maabar, S. Modha, S.B. Vattipally, G.S. Wilkie & A.J. Davison

Résumé :

Le champ de la génomique virale et de la bio-informatique connaît actuellement un nouvel essor grâce à la technologie du séquençage à haut débit (SHD), qui permet de séquencer puis d’assembler rapidement un très grand nombre de génomes viraux, à un coût abordable. De surcroît, grâce à la puissance sans précédent des technologies du SHD, il est désormais possible d’analyser la diversité des virus au sein d’un hôte ainsi que la dynamique des quasi-espèces afin d’élucider d’importantes questions biologiques ayant trait à la transmission virale, à la résistance vis-à-vis des vaccins et au passage d’un hôte à l’autre. Le SHD permet également d’identifier rapidement des virus connus ou potentiellement nouveaux dans des échantillons de terrain ou cliniques, ce qui apporte de nouveaux outils pour la découverte des virus et la métagénomique. La bio-informatique joue un rôle central dans le développement des applications du SHD car ce domaine en constante évolution génère des séries de données aussi nombreuses que complexes dont le traitement et l’analyse requièrent en permanence de nouveaux algorithmes et logiciels.

Mots-clés

Appel de variants – Assemblage de novo – Bio-informatique – Logiciel – Métagénomique – Quasi-espèces – Séquençage à haut débit – Séquençage de nouvelle génération – Virus.

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